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高質(zhì)量的基因組圖譜揭示原始特征的分子機(jī)制

2021-06-23 10:17:38 來(lái)源：中國(guó)科學(xué)報(bào)

作為裸子植物銀杏綱唯一的孑遺物種，銀杏不僅具有特殊的科學(xué)研究?jī)r(jià)值，而且具有重要的應(yīng)用價(jià)值。

近日，南京林業(yè)大學(xué)聯(lián)合中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)基因組研究所在《自然—植物》在線(xiàn)發(fā)表了染色體級(jí)別的銀杏參考基因組，這是目前已發(fā)表的組裝質(zhì)量最高的裸子植物參考基因組。

論文共同通訊作者、中國(guó)工程院院士曹福亮告訴《中國(guó)科學(xué)報(bào)》，這項(xiàng)工作為深入了解裸子植物基因組進(jìn)化提供了新的視角。

典型的孑遺植物

裸子植物作為一類(lèi)獨(dú)特的植物種系，主要由4個(gè)支系組成：銀杏綱、蘇鐵綱、松杉綱和買(mǎi)麻藤綱。

論文共同通訊作者、南京林業(yè)大學(xué)林學(xué)院教授尹佟明介紹，目前銀杏綱僅存銀杏1種。

實(shí)際上，銀杏綱在遠(yuǎn)古時(shí)代非常繁盛，是和恐龍同時(shí)代的物種。銀杏綱植物出現(xiàn)于晚石炭世，在侏羅紀(jì)和早白堊世達(dá)到極盛，廣布于歐亞北美大陸的溫帶地區(qū)。然而，第四紀(jì)冰期后，該綱植物在中歐、北美等地全部絕滅，所以銀杏又有“活化石”之稱(chēng)。

“該綱其余所有物種均為化石植物，因此銀杏具有重要的科學(xué)研究?jī)r(jià)值。”曹福亮說(shuō)，作為典型的孑遺植物，銀杏的生殖方式和胚胎發(fā)育比較原始。

大而復(fù)雜的基因組

“銀杏基因組碩大、雜合度高，且重復(fù)序列含量極高，因此很難獲得高質(zhì)量的銀杏參考基因組。”曹福亮說(shuō)。

尹佟明告訴《中國(guó)科學(xué)報(bào)》，人基因組是比較大的，有30多億個(gè)堿基，而銀杏基因組是人基因組的3倍多，接近100億個(gè)堿基。銀杏有12對(duì)染色體，而人類(lèi)有23對(duì)染色體，1條銀杏染色體的長(zhǎng)度平均約為6條人染色體的長(zhǎng)度。

“國(guó)際上已完成多個(gè)裸子植物的全基因組測(cè)序，包括挪威云杉、火炬松等，但多數(shù)基于二代測(cè)序技術(shù)，基因組組裝質(zhì)量不高。”尹佟明說(shuō)。

論文第一作者劉海琳介紹，這項(xiàng)工作采用了最新的基因組測(cè)序技術(shù)，獲得了大小為9.87G的參考基因組圖譜，并裝配到銀杏12條染色體上，準(zhǔn)確注釋了27832個(gè)銀杏基因組蛋白編碼基因，取代了原版本基因組草圖的基因，是迄今發(fā)表的組裝質(zhì)量最高的裸子植物參考基因組。

他們發(fā)現(xiàn)，銀杏編碼基因的內(nèi)含子顯著延長(zhǎng)。“其他裸子植物也有這個(gè)現(xiàn)象，而銀杏編碼基因的內(nèi)含子比已報(bào)道的其他裸子植物編碼基因的內(nèi)含子要長(zhǎng)很多。”劉海琳說(shuō)，目前還沒(méi)有對(duì)這一現(xiàn)象合理的解釋?zhuān)茰y(cè)可能與重復(fù)序列的復(fù)制更活躍有關(guān)。

他們進(jìn)一步分析，發(fā)現(xiàn)了銀杏基因組擴(kuò)張的機(jī)制。“全基因組復(fù)制事件是植物基因組擴(kuò)張的主要原因。”尹佟明說(shuō)，但他們確證，銀杏只發(fā)生了一次全基因組復(fù)制事件，這與以往的研究結(jié)果不同。

“因此，銀杏基因組的擴(kuò)張方式主要不是通過(guò)全基因組復(fù)制，而是通過(guò)長(zhǎng)末端重復(fù)序列插入和積累。”曹福亮說(shuō)，分子證據(jù)顯示，長(zhǎng)末端重復(fù)序列最近的一次爆發(fā)時(shí)間在1200萬(wàn)~800萬(wàn)年前，發(fā)生在銀杏全基因組復(fù)制事件之后。

揭示原始特征的分子機(jī)制

在獲得了高質(zhì)量的基因組圖譜后，研究人員揭示了銀杏一些原始特征的分子機(jī)制。

1896年，日本東京大學(xué)植物學(xué)家平瀨作五郎發(fā)現(xiàn)了銀杏具有多鞭毛的游動(dòng)精子。在種子植物中，只有銀杏和蘇鐵保留了精子鞭毛這一原始特征，顯示出銀杏在進(jìn)化上的特殊地位。

“我們分析了20多種低等植物和高等植物，發(fā)現(xiàn)銀杏和低等植物一樣保留了精子鞭毛合成的相關(guān)基因，而這些基因在其他裸子植物和被子植物中都是缺失的。”尹佟明說(shuō)。

此外，銀杏為隱花植物，看不到花瓣、花萼、雌蕊、雄蕊這些花器官。劉海琳說(shuō)，通過(guò)比較基因組研究，“我們發(fā)現(xiàn)導(dǎo)致這些花器官消失或隱藏的原因是一些關(guān)鍵性功能基因的缺失”。

銀杏葉片兩面特征相近，無(wú)明顯極性。通過(guò)進(jìn)一步分析，他們發(fā)現(xiàn)，銀杏基因組中缺乏葉片極性相關(guān)的多個(gè)關(guān)鍵基因，造成關(guān)鍵合成通路阻斷，無(wú)法顯示極性特征。

“這在基因組水平上闡明了銀杏特殊的花器官和葉片極性特征形成的遺傳基礎(chǔ)。”曹福亮說(shuō)。

標(biāo)簽：基因組圖譜分子機(jī)制高質(zhì)量